Tháng 7 năm 1727, Menshikov ngã bệnh, phải ngưng tham gia việc triều chính. Trong thời gian ông không thể nắm quyền lực, Pyotr II cùng Natalia và Yelizaveta dời đến cư ngụ và làm việc ở Cung điện Peterhof. Quan chức triều đình có nhận xét là việc nước vẫn trôi chảy dù cho Menshikov không hiện diện. Khi khỏi bệnh, Menshikov xuất hiện ở Peterhof, nhưng ông kinh ngạc thấy Pyotr II quay lưng lại với ông. Những người chung quanh cũng kinh ngạc khi nghe Hoàng đế nói với họ: "Các ông thấy đó, cuối cùng tôi đã học được cách khuất phục ông ta." Tháng 9 năm 1727, Menshikov bị tước mọi chức vụ và bị thu hồi mọi huân chương; cả gia đình ông – kể cả con gái Maria – bị dời đến cư ngụ trên một vùng đất phong ở Ukraina. Họ rời Sankt-Peterburg với 4 cỗ xe có sáu ngựa kéo và 60 hòm hành lý.

Bây giờ, Pyotr II chịu ảnh hưởng của dòng họ Dolgoruky. Hoàng thân Alexis Dolgoruky, cha của bạn Hoàng đế là Ivan, và Hoàng thân Vasiliy Lukich Dolgorukov được cử vào Hội đồng Cơ mật Tối cao. Dòng họ Dolgoruky chấm dứt hẳn sự nghiệp của Menshikov: tháng 4 năm 1728 ông bị kết tội phản quốc vì đã tiếp xúc với Thụy Điển, cả gia tài vĩ đại của ông bị tịch thu. Cả gia đình bị đày đến một làng hẻo lánh trên vùng thảo nguyên ở bắc Xibia. Ông qua đời ở đây vào tháng 11 năm 1729, thọ 56 tuổi, và ít tuần sau Maria cũng qua đời.